Военные годы стали тяжелым испытанием для семьи, которая оставалась в Ленинграде в самые страшные месяцы блокады. Своим спасением домочадцы во многом обязаны Владимиру Яковлевичу — сказались его немецкий характер и приверженность порядку (Ordnung). Запас продуктов был четко распределен и нормирован по суткам, перебор не допускался.
В 1942 году Университет вместе с сотрудниками и их семьями эвакуировали в Саратов. К тому времени немцев из Автономной Республики Немцев Поволжья сослали в Казахстан и Зауралье. Акция прошла, и заниматься одним приезжим немцем власти не стали, но он должен был ежедневно являться в милицию. Вместе с другими немцами были сосланы сестры Владимира Яковлевича: Элла и Альма Яковлевны. Младшая Альма по наивности оказалась в Коми АССР, куда поехала искать ссыльного мужа. Скоро сама оказалась в лагере на лесозаготовках, была очень истощена, доставлена в лагерную больницу. Ей повезло с врачом, благодаря его хлопотам она постепенно поправилась и стала работать медсестрой. В Сыктывкаре было сплоченное общество сосланных интеллигентов, частью которого стала и Альма. Для нее нашлось место преподавателя немецкого языка в Коми АН СССР. У нее было много благодарных учеников. Старшая сестра Элла Яковлевна оказалась в шахтерском городе Суворов Тульской области, страдала от тяжелых условий жизни и жалости к сыну Роберту. Будучи одаренным человеком, но невыездным, он всю жизнь проработал в шахте. Владимир Яковлевич поддерживал связь с сестрами, помогал Элле материально, ежемесячно высылая ей часть зарплаты. Кроме того, несмотря на большую семью в эвакуации, он откликнулся на просьбу первой жены Серафимы Павловны принять младшую дочь Лену, которая прожила в Саратове до возвращения в Ленинград.
Все ждали возвращения из эвакуации, хотя в Саратове было то, без чего Владимир Яковлевич не представлял жизни, — работа. Там он читал лекции, писал, преподавал. Вскоре после окончания войны для Владимира Яковлевича начались новые, не менее серьезные неприятности. В 1946 году по инициативе двух аспирантов он был обвинен в космополитизме и изгнан из Академии. Он едва перенес этот удар и попал в больницу с инфарктом. Этот недуг преследовал его до конца жизни.
Времена борьбы с космополитизмом запомнились и сыну Владимира Яковлевича, Михаилу Владимировичу. Когда он учился примерно в пятом классе, произошла такая история. В один из дней Миша входит в класс, а ребята встречают его криками «Баба Яга! Баба Яга!» и размахивают перед его носом номером журнала «Крокодил» с шаржем Кукрыниксов с подписью «Дорогой длинною, дорогой тряскою, он ехал в Индию за русской сказкою». А вся вина его отца была в том, что он много знал, был эрудирован.
С грустью приходится думать о том, что такой ученый, как Владимир Яковлевич, не имел звания академика, — такова была эпоха, в которую ему выпало жить и трудиться. Работа в Ленинградском университете, где Владимир Яковлевич преподавал больше тридцати лет, стала для него отдушиной. Сохранилась его речь на юбилее весной 1965 года, в которой он выразил свое отношение к этому месту: «Когда в 1937 году меня пригласили в ЛИФЛИ (впоследствии филологический факультет университета), я и не подозревал, какая счастливая звезда привела меня сюда, в это здание. Я не знал еще тогда, а теперь знаю, какое это счастье — работать в Университете».
Студенты очень ценили не только академическое, но и человеческое, порой даже отеческое внимание Владимира Яковлевича. В той же юбилейной речи он сказал: «Когда я ухожу с лекции с сознанием, что сегодня я, кажется, читал хорошо, и студенты слушали с интересом, когда, бывало, я слышал блестящие ответы на экзамене, видел, как хорошо некоторые студенты усваивают науку, когда на семинарах они выступают с замечательными, умными, хорошо продуманными докладами, я бываю истинно счастлив».
В конце речи он признался, что пусть им и «сделано мало», но он, выражаясь словами Пушкина, «как нянька старая», гордится своими учениками. Действительно, Владимир Яковлевич обладал гениальным умением видеть таланты других людей. Многие студенты благодаря вере в них и научной помощи Владимира Яковлевича становились большими учеными.